L'église se dresse sur un dyke dominant la vallée de l'Alagnon, construit sur un pic basaltique, ce site Clunisien du XIème siècle, classé Monument Historique, offre un point de vue exceptionnel sur la ville de Murat et son rocher de Bonnevie, le rocher de Chastel et sa chapelle Saint-Antoine, la vallée de l’Alagnon et les sommets du Plomb du Cantal. Vestige d’un prieuré Bénédictin, cette chapelle fortifiée abrite un riche mobilier de style baroque, un maître autel de 1706, le plus important de la Haute-Auvergne. Elle possède également un des plus beaux porches de style roman. Une partie du mobilier est préservé en sécurité au Musée de la Haute-Auvergne, à Saint-Flour. L'église de Bredons est rattachée à la fédération des sites clunisiens depuis 1994. Le réseau des sites clunisiens est un grand itinéraire culturel du Conseil de l’Europe, il a pour objectif de rassembler les lieux qui, en Europe, ont contribué à l’extraordinaire rayonnement de l’abbaye de Cluny (Bourgogne du sud), du Xème au XVIIIème siècles.
Rattachée à la Fédération des Sites Clunisiens, cette église est le seul vestige d’un prieuré bénédictin disparu à la Révolution. Bien que n’ayant jamais compté plus de dix moines, Bredons était un des plus riches prieurés de France et rayonnait sur toute la région. Le portail de style roman, les boiseries d’influence italienne et les nombreux retables baroques témoignent de cette prospérité passée.
Au XIème siècle, le territoire de Bredons dépendait des biens de la famille de Henry, noble famille possédant de vastes domaines entre Murat et Saint-Flour. La construction du prieuré Saint-Pierre-Saint-Paul de Bredons débuta en 1050, sous l’impulsion de Durand de henry, converti moine bénédictin et originaire d’une famille importante de Murat. Il devint, en 1057, abbé de Moissac. Construite en 1075, l’église prieurale fut consacrée en 1095 par l’évêque de Clermont, à l’occasion de la visite du pape Urbain II. Elle fut édifiée à l’emplacement de l’ancienne chapelle Saint-Timothée et de la Sainte-Croix, et fut dédicacée aux saints Pierre et Paul.
En 1284, par un contrat entre le Prieur de Bredons et le Bailly des Monts d'Auvergne aux termes duquel est partagée la souveraineté judiciaire et financière, le Roi St. Louis fit élever sur le rocher de Bredons, au point culminant, la tour de Beccoire. Il ne reste rien de ces constructions. Cette tour qui dominait le prieuré de Bredons à portée de voix apparaissait parfois sans doute au Prieur comme un symbole encombrant du pouvoir laïque.
Vers 1350, en haute Auvergne, apparurent des bandes de pillards connus sous le nom de "Bandes Anglaises". Beaucoup d'églises furent incendiées. La région sortait à cette époque d'une longue période de misère où le simple manque d'entretien avait pu précipiter la ruine des constructions. C'est probablement à cette époque que disparurent les voûtes de la nef de l'église.
En 1384, l'évêque de Saint-Flour autorisa le chapitre de Murat à construire une église indiquant que le voisinage des Anglais et la guerre sans merci que se faisaient les prétendants à la vicomté de Murat empêchaient les habitants de la ville d'aller remplir leurs devoirs religieux à Bredons. Elle fut construite en deux ans. Cette décision fut l'objet de querelles entre le Prieur de Bredons et le chapitre de Murat.
Vers 1704, la cure de Murat fut donnée au prieuré. Depuis cette époque, la ville a pour église paroissiale celle de l'abbaye. Les relations entre Murat et Bredons ne cessèrent de se dégrader, nécessitant parfois l'intervention du pape. Ainsi Urbain II (1088-1099), qui avait prêché la première croisade, dut trancher des procès concernant le prieuré. Les chanoines de la collégiale Saint-Martin à Murat contestèrent l'autorité du prieuré de Bredons. Des différends apparurent au début du XIVème siècle entre le vicomte de Murat et le prieuré de Bredons. Cette communauté entra en conflit avec les moines de la collégiale Notre-Dame de Murat.
A la fin du XVème siècle, de grandes réparations furent entreprises à l'église de Bredons par le prieur Jean II des Prez de Montpezat.
Entre 1517 et 1542, le nouveau Prieur Antoine d'Auriol, amateur éclairé à l'époque de l'influence italienne dota l'église d'un ensemble de stalles et boiseries de grande qualité dont on peut regretter qu'une partie seulement n'ait été sauvegardée. Antoine d'Anglade, dernier Prieur régulier de Bredons entreprit d'importants travaux de restauration de la partie sud-ouest de l'église où son blason est visible au revers de la façade occidentale.
Entre 1664 et 1757, l'esprit de la réforme transforma le décor intérieur de Bredons, mais les importants retables, que l'on peut admirer aujourd'hui, furent surtout dus aux curés et marguilliers : les Prieurs d'alors abandonnèrent volontiers l'administration du temporel entre les mains d'un fondé de pouvoir et résidèrent de moins en moins sur place.
Une loi de L'Assemblée Nationale ayant ordonné la vente des biens nationaux avant le 15 septembre 1790, la municipalité de Murat mit en vente le Prieuré de Bredons. Aucun acquéreur ne se présenta. La population, fuyant les prêtres assermentés, venait suivre à Bredons les offices des réfractaires. En 1791, la municipalité de Murat ferma l'église de Bredons. Des émeutes assez violentes s'ensuivirent.
En 1795 le quartier du "Fontillou" à Murat ayant brûlé, le conseil municipal autorisa les sinistrés à prendre des pierres des bâtiments du Prieuré pour reconstruire leurs maisons. A la même époque le clocher fut démoli et reconstruit dans son état actuel.
En 1840 l'église de Bredons fut classée Monument Historique et on répara les désordres qu'avait provoqué dans les maçonneries la démolition des bâtiments du Prieuré. Il est étonnant que dans l'historique du prieuré, personne ne parle de la vierge noire, merveilleuse statue romane de majesté, volée en 1953. On lui accordait une parenté orientale grâce à Saint-Louis qui en aurait fait don à l'église. Cela explique aussi pourquoi, de l'autre côté de la vallée, la vierge noire de Murat, bien que postérieure en date, tienne à se rattacher à Saint Louis..
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